山達基的起源，可以一路回溯到1930年代，當那位未來的山達基創始人，美國人L. 羅恩 賀伯特在東方旅行，並問自己為什麼人類要過這種悲慘的生活。 在他年輕時，沒有人能夠回答他的問題，也就是人類來自哪裡，以及人類將何去何從。
在1950年，賀伯特先生寫了一本關於戴尼提（「透過心靈」）的書，那是他早期的心靈研究。那本書就是《戴尼提：現代心靈健康科學》。它很受歡迎，也很快就成了暢銷書，至今已銷售超過一千七百萬本。隨著戴尼提運動成長茁壯，以及研究從心靈擴展到精神個體，另一個主題於是誕生了──它就是山達基，而第一個教會於1954年在美國成立。戴尼提在不久之後首度進入日本，但首次的正式山達基傳教擴展是在1962年，因此那是山達基在日本史上真正的起始點。在1962年9月10日，第一場山達基的正式演講，在一個擠得水洩不通的禮堂舉行。
山達基（Scientology）這個字是由拉丁文scio，意指「知道一詞最完整的意義」，以及希臘字logos（研究）而來的。
在《山達基：思考的原理》一書中，賀伯特先生解釋該主題其實是來自心理學的根源，但是，我們必須要知道它不是來自當代的心理學，而是原本在全球宗教中教導的早期心理學，後來其靈性本質才在上個世紀被移除。
心理學的字面意思是「對靈魂的研究」。心理學今天已經失去了這個意思，它不再研究或認可靈魂是真正的學習領域。如此看來，山達基非常不同，因為它的確研究靈魂，就像世界上多數偉大的宗教般。
宗教通常接受人類靈魂與這個宇宙的強大「生命－力量」有關。然而，「靈魂」這個字難以定義。有些人說，靈魂事實上是人類心靈。但在山達基，「靈魂」的意思是「自己」，而它的意義遠超過了心靈。在日本神道教的一支，「生長之家（Seicho-no-Ie）」中，靈魂可以被譯成「神的孩子」。它會符合日文「hime」或「hiko」。在山達基，賀伯特先生造了「希坦」這個詞，它來自希臘文的「靈魂」，因為沒有其他現存的字詞可以完整描述。
宗教通常接受人類靈魂與這個宇宙的強大「生命－力量」有關。 有些人說，靈魂事實上是人類心靈。但在山達基，「靈魂」的意思是「自己」，而它的意義遠超過了心靈。
因為沒有現存的字來解釋新觀念，而創造出新字，以宗教而言並非創舉。在日本，真言宗（Shingon，一個很悠久、很傳統的大型深奧佛教教派）的創始人弘法大師（Master Kobodaishi），他必須創造許多字詞，讓人們可以在該宗教修行。
但同時，在山達基沒有為神創造新詞。雖然上帝的架構，可能不是山達基研究的一部分，而且關於那是什麼或不是什麼，成員可以擁有自己的想法，但它的描述詞是「至高之神」、「無限」、「一切的一切」、「宇宙的創造者」，當然還有「神」。
不像其他宗教，山達基對於神的概念，沒有什麼特別的教條，但會讓人發展出自己的瞭解，也就是他在這個宇宙和事物本質中的角色。從那裡，信仰可以接著而來。因此，山達基的學生不只是看似來自各行各業與各個國家，也有非常多元的宗教背景。在日本與東方，作為超過一個宗教的成員，是很常見的。依循這項傳統，有些日本的山達基學生也不放棄其他宗教，而以本作者所瞭解的，他們運用山達基的研究，來加強他們先前的宗教承諾及對上帝的信仰。這與較新的神道教「生長之家」概念類似，其追隨者也來自於佛教、基督教與其他信仰。
